Heinecke / Eckhardt / Horsch | Supercomputing for Molecular Dynamics Simulations | E-Book | www.sack.de
E-Book

E-Book, Englisch, 76 Seiten

Reihe: Computer Science (R0)

Heinecke / Eckhardt / Horsch Supercomputing for Molecular Dynamics Simulations

Handling Multi-Trillion Particles in Nanofluidics
1. Auflage 2015
ISBN: 978-3-319-17148-7
Verlag: Springer International Publishing
Format: PDF
 Kopierschutz: 1 - PDF Watermark

Handling Multi-Trillion Particles in Nanofluidics

E-Book, Englisch, 76 Seiten

Reihe: Computer Science (R0)

ISBN: 978-3-319-17148-7
Verlag: Springer International Publishing
Format: PDF
 Kopierschutz: 1 - PDF Watermark

This work presents modern implementations of relevant molecular dynamics algorithms using ls1 mardyn, a simulation program for engineering applications. The text focuses strictly on HPC-related aspects, covering implementation on HPC architectures, taking Intel Xeon and Intel Xeon Phi clusters as representatives of current platforms. The work describes distributed and shared-memory parallelization on these platforms, including load balancing, with a particular focus on the efficient implementation of the compute kernels. The text also discusses the software-architecture of the resulting code.

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Zielgruppe

Research

Autoren/Hrsg.

Heinecke, Alexander
Eckhardt, Wolfgang
Horsch, Martin
Bungartz, Hans-Joachim

Weitere Infos & Material

Introduction.- Molecular Dynamics Simulation.- Parallelization of MD Algorithms and Load Balancing.- Efficient Implementation of the Force Calculation in MD Simulations.- Experiments.- Conclusion.

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