Generalisierte Markov-Modellierung

Modellierung irreversibler ¿-Amyloid-Peptid-Dynamik unter Mikrowelleneinfluss
1. Auflage 2020
ISBN: 978-3-658-29711-4
Verlag: Springer

Buch, Deutsch, 172 Seiten, Paperback, Format (B × H): 148 mm x 210 mm, Gewicht: 241 g

Reihe: Research

Markov State Models (MSM) sind der Goldstandard zur Modellierung biomolekularer Dynamik, da sie die Identifizierung und Analyse metastabiler Zustände ermöglichen. Die robuste Perron-Cluster-Cluster-Analyse (PCCA+) ist ein verbreiteter Spectral-Clustering-Algorithmus, der für das Clustering hochdimensionaler MSM verwendet wird. Da die PCCA+ auf reversible Prozesse beschränkt ist, wird sie zur Generalisierten PCCA+ (G-PCCA) verallgemeinert, die geeignet ist, nichtreversible Prozesse aufzuklären. Bernhard Reuter untersucht hier mittels G-PCCA die nichtthermischen Auswirkungen von Mikrowellen auf die Proteindynamik. Dazu führt er molekulardynamische Nichtgleichgewichtssimulationen des Amyloid-ß-(1–40)-Peptids durch und modelliert diese.
Der Autor:

Bernhard Reuter forscht in der Gruppe Methoden der Medizininformatik an der Eberhard-Karls-Universität Tübingen und der Gruppe Computational Molecular Design am Zuse Institut Berlin. Ein Schwerpunkt seiner Forschung ist die Simulation und Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtssysteme. Er entwickelt u.a. datenbasierte Methoden zur Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtsprozesse.

Zielgruppe

Research

Autoren/Hrsg.

Reuter, Bernhard

Fachgebiete

• Naturwissenschaften Biowissenschaften Proteinforschung
• Naturwissenschaften Biowissenschaften Angewandte Biologie Biomathematik
• Naturwissenschaften Chemie Physikalische Chemie Quantenchemie, Theoretische Chemie
• Mathematik | Informatik EDV | Informatik Angewandte Informatik
• Naturwissenschaften Biowissenschaften Angewandte Biologie Bioinformatik
• Mathematik | Informatik Mathematik Numerik und Wissenschaftliches Rechnen
• Mathematik | Informatik Mathematik Stochastik Mathematische Statistik

Inhaltsverzeichnis

Zur Notwendigkeit einer Generalisierung der Markov-Modellierung.- Anwendung: Modellierung der Aß40-Konformationsdynamik.- Mikrowelleneinfluss auf die Proteinkonformationsdynamik.

Über Autor(innen)

Bernhard Reuter forscht in der Gruppe Methoden der Medizininformatik an der Eberhard-Karls-Universität Tübingen und der Gruppe Computational Molecular Design am Zuse Institut Berlin. Ein Schwerpunkt seiner Forschung ist die Simulation und Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtssysteme. Er entwickelt u.a. datenbasierte Methoden zur Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtsprozesse.